提取后的肠道菌群样本可以通过以下方法进行鉴定：
显微镜观察法：将提取的肠道菌群样本涂片或培养后，通过显微镜观察菌群的形态、大小、染色特性等表型特征，结合已知的肠道菌群形态学特征，对菌群进行初步鉴定。
培养法：将提取的肠道菌群样本接种到适当的培养基上进行培养，观察菌落的特征、生长速度、对氧气的需求等，结合已知的培养特征，对菌群进行进一步鉴定。
分子生物学方法：采用PCR、qPCR等技术，对提取的肠道菌群样本进行基因组DNA的扩增和测序，结合已知的基因组信息和进化关系，对菌群进行更为精准的鉴定。
生物信息学分析：将通过显微镜观察法、培养法、分子生物学方法等得到的菌群数据，利用生物信息学软件和工具进行数据分析和解读，获得菌群的分类学信息和基因组学特征，对菌群进行全面鉴定。
需要注意的是，肠道菌群鉴定需要综合运用多种方法，以获得更准确的结果。同时，由于肠道菌群的多样性和动态变化，鉴定结果需要结合个体差异和临床背景进行综合分析。