提取后的肠道菌群样本可以按照以下步骤进行处理：
样本保存：提取后的肠道菌群样本应该妥善保存，以避免污染和失活。可以选择将样本保存在适当的介质中，如甘油、生理盐水等，或者将样本保存在专门的微生物存储管中。
样本运输：如果需要将样本运输到其他地方进行处理，应该选择适当的运输方式，如冷藏、冷冻等，以保持菌群的活性和稳定性。
菌群分离和纯化：根据实验需求，可以采用不同的方法对菌群进行分离和纯化。例如，可以采用划线分离法、涂布分离法、摇瓶分离法等方法进行分离，并采用菌落PCR等方法进行纯化。
菌群鉴定：可以采用表型特征分析、分子生物学鉴定等方法对菌群进行鉴定，以确定其分类学信息和基因组学特征。
菌群培养：可以采用液体培养基或固体培养基对菌群进行培养，以获得更多的微生物细胞。
数据分析：可以采用专业的生物信息学软件和工具对菌群数据进行进一步的分析和解读，以获得更深入的菌群结构和功能信息。
总之，提取后的肠道菌群样本应该妥善保存和运输，并根据实验需求进行分离、鉴定、培养和数据分析等处理。同时，需要注意遵守实验室安全规范和质量控制措施，以确保实验结果的准确性和可靠性。