肠道菌群失调的危害包括：
肠道功能紊乱：包括肠易激综合征、功能性腹胀气、功能性腹泻、功能性便秘、非特异性功能性肠紊乱等，这些疾病通过精神调适和改变行为等方式才能从根本上调理胃肠道功能紊乱。
电解质紊乱：长期腹泻会引起患者体内大量水分和电解质丢失，诱发高血症、低钾血症、高钠血症、低钠血症等，甚至并发癫痫、休克，危及生命。
肝病：肝脏和肠道菌群有一定的联系，肠道菌群失调可破坏肠道菌群稳定，降低其功能；同时也会影响肝功能，从而让身体承受各种不适。
影响精神状态：肠道中某些细菌易使得人类产生焦虑或抑郁情绪。
增加患肠癌风险：肠道菌群失调的人患肠癌的风险较高，因为肠道细菌可分泌出多种酶类物质，其中的胆固醇脱氢酶以及葡萄糖醛酸酶等都会增加患结肠癌风险。
升高胆固醇：动脉血管内膜受到损伤后，大量胆固醇再此沉积，久而久之造成动脉粥样硬化。研究发现，菌群中缺乏乳酸菌和双歧杆菌可升高胆固醇水平。
易感冒和腹胀、口臭等。